Weak Hero mengikuti kisah Yeon Si-eun, seorang siswa SMA yang tampaknya lemah secara fisik, pendiam, dan lebih suka menyendiri. Namun di balik penampilannya yang kalem, Si-eun adalah seorang jenius dengan otak tajam dan strategi luar biasa. Ketika kekerasan dan perundungan menjadi hal yang umum di sekolah, Si-eun mulai menggunakan kecerdasannya untuk melawan para penindas dengan cara-cara yang tidak terduga dan penuh perhitungan.
Bersama dengan teman-teman barunya, Ahn Su-ho dan Oh Beom-seok, Si-eun membentuk ikatan yang kuat dalam menghadapi berbagai geng dan ancaman yang lebih besar dari sekadar bully sekolah. Namun, seiring waktu, hubungan persahabatan mereka diuji oleh pengkhianatan, rahasia masa lalu, dan tekanan dari dunia kekerasan yang tidak mereka pilih.